Esterno
La chiesa di Santa Maria si distingue nettamente da ogni altro edificio di culto in Fondi, sia per lo stile in cui è stata realizzata, sia per le dimensioni notevoli con un’ampiezza di m. 25 una lunghezza di m. 60 e un’altezza di m. 18 circa al vertice del timpano. La posizione sopraelevata, poi, promana un bell’effetto prospettico, notevole per l'’imponenza architettonica.
Dai suoi piedi, una scalea, larga quanto l'’intera facciata e sviluppata in una rampa di nove gradini di basalto culmina col sagrato alto due metri circa, rispetto al piano strada.
La facciata ha un prezioso ed ampio portale centrale marmoreo, vera gemma dell'’architettura e della scultura rinascimentale. Un arco marmoreo a tutto sesto incornicia la lunetta sull’'architrave.
Ne è ospitato un gruppo statuario di pregevole scultura a tutto tondo e di proporzioni pressoché naturali: al centro la Madonna in trono col Bambino seduto a sinistra. La Vergine inclina il capo verso il Figlio, teneramente materna. Sulla predella del trono, in caratteri d’'epoca, è inciso: “Ave gratia, 1490”. Alla destra del trono, ritta in piedi, è santa Caterina d’'Alessandria martire, protettrice della casata Caetani d’'Aragona, che poggia la mano destra sullo strumento del suo martirio, la ruota; a sinistra, orante in ginocchio e a capo scoperto, il conte di Fondi Onorato II Caetani d'’Aragona. Lo stile dell’'opera si vuole risenta quello dello scultore toscano Benedetto da Maiano.
A tre quarti della facciata è aperto un grande occhio centrale, con bordo vistoso in piperino, richiamante i contorni di due finestroni simmetrici, ad arco a sesto rialzato. In asse con i finestroni, si aprono due portali minori stagliati in semplici rettangoli marmorei.
In alto, il timpano è evidenziato dalle linee di grigio scuro poco sbalzate in piperino. Il tipo particolare di pietra fu adoperato, con tutta evidenza, per ottenere un risalto cromatico armonioso sia
all’'esterno che all’'interno dell'’edificio stesso, in ossequio ai canoni diffusi dell’'estetica architettonica rinascimentale.
A sinistra di chi guarda, la chiesa è fiancheggiata dalla torre campanaria a tre piani. È impostata a cavallo della strada pubblica che corre a fianco della chiesa. Al primo piano si apre una monofora a tutto sesto. Al secondo e al terzo si aprono due bifore. Al di sopra di questa finestra - aperta sulla cella campanaria - dal 1878 è collocato il quadrante dell'’orologio pubblico.
Interno
La pianta è a grande croce latina con tre navate e tre absidi. La chiesa ha sei ingressi, di cui tre sono secondari (uno per ogni navata minore, l’altro è quello della sacrestia). Dai tre ingressi
aperti sulla facciata al giardino del transetto la distanza è di m. 30,60. Il transetto è profondo m. 9 circa e si estende per m. 22,35. Non è coperto da cupola. Il suo punto focale liturgico è collocato come sotto un maestoso arco trionfale, visto in prospettiva: lì, dal settembre 1990, risalta la grande Tavola Eucaristica poggiata su due predelle marmoree. È l'’altare ristrutturato secondo le nuove norme liturgiche.
I due lati minori del transetto ospitano ciascuno una edicola trionfale in piperino. Quella a sinistra, entrando in chiesa, è dedicata al Tabernacolo. L'’edicola di destra ospita il trono mariano. A sinistra dell’'edicola c'’è la porta della sacrestia ornata di piperino con bassorilievi ornamentali.
Le arcate che, in doppio ordine di tre (due maggiori e quattro minori), si aprono sui due lati maggiori del transetto, sono in piperino ricorrente in tutta l'’estetica del tempio. Un'’arcata analoga, meno alta, si apre sulla cappellina posta a metà della navata minore di destra. In piperino è anche l’'edicola trionfale detta dello Spirito Santo. Sia la navata maggiore che il transetto mostrano le capriate lignee della copertura nello stile delle chiese medievali e del primo rinascimento.
